V rojstnem kraju je obiskoval nemško osnovno šolo, prav tam tudi učiteljsko pripravnico. V letih 1857 do 1862 je poučeval na Dolenjskem, nato se je preselil na Gorenjsko, ob koncu šestdesetih let 19. stoletja pa se je zaposlil kot učitelj in organist v Tolminu. Po devetnajstih letih službovanja v Tolminu je bil premeščen v Srpenico, kjer je deloval kot nadučitelj. Z upokojitvijo leta 1898 se je preselil v Gorico.
Nadarjenost za glasbo je kazal že v otroških letih; v Idriji se je učil igranja violine, kasneje pa se je pod mentostvom Antona Krašnarja zelo hitro izuril v igranju orgel, tako da je že lahko nadomestil glavnega cerkvenega organista v Idriji. Med službovanjem na Gorenjskem ter v Tolminu se je samostojno izobraževal na področju glasbene teorije. Ker je že kmalu začel skladati, je sčasoma presegel raven takrat najbolj dejavnih cerkvenih skladateljev-organistov in se tako uvrstil med najproduktivnejše skladatelje-organiste takratnega časa na Slovenskem. Zapustil je obsežen skladateljski opus, mnogo skladb je ostalo v rokopisu. Komponiral je maše, tantume, preludije, fuge, cerkvene in posvetne pesmi. Tik pred smrtjo je Danilo Fajgelj vse svoje skladbe, tako rokopisne kot tiskane, prodal Nacionalni biblioteki na Dunaju.
Danilo Fajgelj je orgle tudi poučeval. Za učence je napisal 100 mediger za orgle ter šolsko in cerkveno pesmarico. Bil je soustanovitelj Cecilijanskega društva v Gorici in pevovodja Čitalnice v Tolminu, kot dirigent je deloval v Šempasu, Tolminu in Višnjeviku. Prejel je dve nagradi in umetniško štipendijo takratnega učnega ministrstva, Glasbena Matica pa mu je dodelila častno nagrado za Sveto mašo (Ozri z nebes se v milosti).
Gorska cvetica: četverospev, 1881
Ljubezen do doma: zbor, 1881
Na gomili: zbor, četverospev in tenor-solo, 1881
Predigre za ogrlje ali harmonium, 1985
Sveta maša (Ozri z nebes se v milosti), 1892
Cerkvene pesmi, nabrane med slovenskim narodom, zvezek 1-4, 1885-1893 (sourednik)
Fuga (v C dur) za polne orgle, 1897
Fuga (v F dur) za polne orgle, 1897
Slovenska pesmarica, zvezek 1-2, 1911
I. Klemenčič: Danilo Fajgelj, Oesterreichisches Musiklexikon (2002), str. 416-417
K. Jukić: Danilo Fajgelj: 1840-1908, Maribor 2001
K. Krivec: Danilo Fajgelj, Bovški zbornik (2004), str. 265-274
Primorski slovenski biografski leksikon, snopič 4, Gorica 1977, str. 344-345
S. Štanišič Čopi: Ob odkritju spominskega obeležja Danilu Fajglju, Naši zbori (2002), št. 3, str. 31
Z. Harej: Danilo Fajgelj ob 150-letnici rojstva, Koledar (1990), str. 134-137
Z. Harej: Danilo Fajgelj ob 150-letnici rojstva, Mhorjev Koledar (1990), str. 112-114