Znan je predvsem kot organizator četniškega, nekomunističnega protiokupatorskega odpora v Sloveniji. Po očetu Čeh, Emmer je študiral rudarstvo najprej na Češkem, nato na Tehniški fakulteti v Ljubljani, kjer je 1941 tudi diplomiral. Že pred vojno je bil pripadnik četniške organizacije, zato se je kmalu po okupaciji posvetil ilegalnemu organiziranju tovrstne odporniške skupine.
Med okupacijo od 1941 do 1945 so v Sloveniji delovali, poleg partizanov, vaških straž in domobrancev, tudi slovenski četniki, navadno imenovani plavogardisti. Dejansko je šlo za del poražene vojske Kraljevine Jugoslavije (VKJ), ki je kot četniški odredi oz. kot del Jugoslovanske vojske deloval po navodilih begunske vlade v Londonu, v Jugoslaviji pa je bil podrejen generalu Draži Mihajloviću. Skupaj z duhovnikom Marijanom Kremžarjem je Emmer ustanovil in vodil Slovensko narodno gibanje četnikov, v katerega je skušal povezati več manjših skupin tako iz katoliškega kot tudi liberalnega političnega bloka. Njegova dejavnost je dosegla največji uspeh med študenti, pri častnikih Vojske Kraljevine Jugoslavije in deloma pri Katoliški akciji. Snoval je novo četništvo, ki naj bi postopoma in v navezi z zahodnimi zavezniki pripravljalo osvoboditev domovine. Svojo organizacijo je širil na Dolenjsko in Notranjsko, načrte pa je imel tudi na Gorenjskem. Gibanje je tiskalo letake v duhu jugoslovanske kraljevine ter imelo radijsko povezavo s tujino. Emmer je k sodelovanju vabil širok krog ljudi, med drugimi tudi sodelavce OF in Komunistične partije, kar je povzročilo precejšnjo zmedo, medsebojno nezaupanje, boj za vpliv in vrinjanje nasprotnih agentov. Privrženci iz častniškega zbora so mu svetovali odločnejši nastop do OF in njenega vodstva, zato je prišlo do neosnovanih obtožb o nameravanih atentatih in povezavah z gestapom. Kot jasnega in nevarnega nasprotnika komunizma ga je VOS ustrelila 4. decembra 1941 v Ljubljani.
Enciklopedija Slovenije, Ljubljana, Mladinska knjiga, 1987 – 2002. zv. 16: Dodatek A – ŽSlobodan Kljakić i Marijan F. Kranjc, Slovenački četnici, Beograd, 2006Pavle Borštnik, Pozabljena zgodba slovenske nacionalne ilegale, Ljubljana, Mladinska knjiga,1998Marijan F. Kranjc in Slobodan Kljakić, Plava garda – poveljnikovo zaupno poročilo, Maribor, 2006
Janko Maček, Kako se je začelo, Družina, Ljubljana, 2010
