Oče ga je kmalu poslal v München, da bi kasneje stopil v službo bavarskega dvora, vendar je sredi tridesetih let 17. stoletja pristal na cesarskem dvoru na Dunaju, kjer je ostal tri desetletja. Tam je skrbel za vzgojo cesarjevega prestolonaslednika. Cesar je pri njem odkril izredne diplomatske sposobnosti.
Leta 1653 ga je cesar Ferdinand III. povzdignil med kneze Svetega rimskega cesarstva, hkrati mu je podelil grofijo in gradiščanstvo Wels v Zgornji Avstriji ter pravico do kovanja lastnega denarja v lastni kovnici. Cesar ga je imenoval za svojega prvega ministra. Po smrti prestolonaslednika Ferdinanda in kasneje samega cesarja Ferdinanda III. pa je Janezu Vajkardu sreča začela obračati hrbet. V silni želji postati kardinal je v boju za špansko dediščino podprl francoskega kralja Ludvika XIV., sicer nasprotnika Habsburžanov, in s tem padel pri novemu cesarju Leopoldu I. v nemilost. Moral je zapustiti Dunaj in oditi v Wels. S svojo družino se je s cesarjevim dovoljenjem preselil na Kranjsko, kjer je deloma živel pri bratu v Ljubljani, deloma na gradu v Žužemberku. Tu se je posvečal teološkim in filozofskim študijam in upravljal svoja posestva.
Verjetno mu je precej visoka renta, ki mu jo je dajal Ferdinand III., omogočala številne nakupe posesti in gradov. Kupil je kar nekaj gospostev v Istri (Pazin, Paz, Belaj, Kršan) in švabski Tengen, ki mu je kot svobodna posest omogočil polnopravni sprejem v kolegij državnih knezov. Ostala posestva je kupil na rodnem Kranjskem (gospostvo Postojna, Lož in Snežnik). Po smrti starejšega brata Volfa Engelberta leta 1673 mu je pripadla tudi družinska dediščina. S tem je postal lastnik Kočevja, Žužemberka, Poljan, Višnje Gore, gradičev Kozjak in Mala vas pri Dobrniču, zdravilnih vrelcev pri Toplicah ter palače v Ljubljani, ki se je od takrat naprej imenovala knežji dvorec. V Dolenjskih Toplicah je dal sezidati prvo kopališko stavbo, ki jo je v Slavi vojvodine Kranjske upodobil Valvasor. V preprosti stavbi, ki so jo kasneje podrli, je bil zajet le en vrelec in ta še danes nosi ime po njem »knežji vrelec«. Kdaj natanko je bila stavba zgrajena, ni znano, vsekakor pa pred letom 1658. Tega leta se namreč omenja Georg Pusch, ranocelnik oziroma kopališki mojster, ki je občasno prihajal v Dolenjske Toplice.
Umrl je v rodnem Žužemberku, pokopan je pri ljubljanskih frančiškanih v družinski grobnici. Z Janezom Vajkardom I. se je pričela knežja linija Auerspergov. Kasneje se je razdelila na dve glavni liniji, tirolsko-češko in kočevsko, ki je imela jedro zemljiške posesti v kočevskih gozdovih.
Slovenski biografski leksikon: 1. knj.: Abraham-Lužar. Ljubljana, Zadružna gospodarska banka, 1925, str. 19.
Preinfalk, M. Auerspergi: Po sledeh mogočnega tura. Ljubljana: Zgodovinski inštitut Milka Kosa ZRC SAZU, 2005. Str. 242–245. Thesaurus memoriae. Dissertationes (4).
Valvasor, J. V. Čast in slava vojvodine Kranjske: 1. knj. Ljubljana: Zavod Dežela Kranjska, 2009, str. 289–290.
Tončič, L. Zdravilišče Dolenjske Toplice 1767–1987. Novo mesto, 1987, str. 23. (tipkopis, hrani Dolenjski muzej)
Dolenjske Toplice v odsevu časa: znanstvena monografija ob 800-letnici prve omembe Dolenjskih Toplic v zgodovinskih virih. Dolenjske Toplice: Občina, 2015.