Osnovno šolo in takratno nižjo gimnazijo je obiskoval v domačem kraju. Šolanje je nadaljeval na gimnaziji v Osijeku in Zagrebu, kjer je maturiral. Po opravljeni maturi in končanem vojaškem roku v Makedoniji se je leta 1961 vpisal na zagrebško Teološko fakulteto, kjer je opravil dva letnika, preostale pa na ljubljanski Teološki fakulteti. Po diplomi je bil tri leta vzgojitelj kapucinskih kandidatov za duhovništvo in nato leto dni kaplan v Celju. Leta 1971 se je vpisal na podiplomski študij v Rimu na frančiškanski univerzi Antonianum, kjer je 1974. leta doktoriral.
Ob vrnitvi v domovino je opravljal številne pomembne duhovniške službe: med leti 1977-1983 in 1984-1990 je bil predstojnik kapucinskega samostana na Ptuju in dekan ptujske dekanije (1979-1990). Šest let (med 1990-1996) je bil provincial Slovenske kapucinske province. Kot predstojnik na Ptuju je vodil gradnjo novega kapucinskega samostana, kot provincial Slovenske kapucinske province pa je začel z gradnjo nove cerkve sv. Leopolda Mandića na Ptuju in kot provincial prispeval velik investicijski delež, s pomočjo kapucinov iz Švice, k dograditvi Doma duhovnosti v Kančevcih v Prekmurju. V letih 1997-2021 je bil župnik pri Sv. Jožefu na Studencih v Mariboru. Sodeloval je pri škofijskem postopku za kanonizacijo Danijela Halasa, sedaj sodeluje pri postopku za kanonizacijo Mariborčanke Cvetane Priol. Zbral, uredil in spremna besedila je napisal za knjigo Jaroslav Kikelj, Pričevalec vere in veselja, ki je leta 2001 izšla pri Slomškovi založbi v Mariboru.
Škafar se je vse svoje aktivno obdobje posvečal tudi znanosti. V letih 1983 – 2004 (honorarno do leta 2012) je predaval na Teološki fakulteti v Ljubljani, enota Maribor. V okviru Slovenske teološke akademije v Rimu je sodeloval na različnih zgodovinskih simpozijih. Svoje znanstvene prispevke je objavljal v Bogoslovnem vestniku, Časopisu za zgodovino in narodopisje in Zborniku soboškega muzeja. Bil organizator in sodelavec pri izdaji prve knjižne izdaje Spisi sv. Frančiška Asiškega in sv. Klare, ki jo je leta 1982 izdala Mohorjeva družba v Celju. Uredil je knjigo Verstva, sekte in novodobska gibanja, ki je izšla pri Mohorjevi družbi v Celju leta 1998.
V letih 1981 – 2008, 28 let, je bil urednik Družinske priloge oziroma pozneje Naše družine, ki je izhajala kot mesečna priloga katoliškega tednika Družina. Ob prenehanju urednikovanja mu je tednik Družina leta 2009 izdal izbor nekaterih uvodnikov iz Naše družine z naslovom Iz meseca v mesec. Dolgo je sodeloval pri ekumenskem letnem zborniku V edinosti, ki ga je v zadnjih letih izhajanja tudi urejal. Sedaj sodeluje pri reviji za ekumensko teologijo in medreligijski dialog Edinost in dialog, ki ga od leta 2013 izdaja Teološka fakulteta Univerze v Ljubljani kot nadaljevanje nekdanjega ekumenskega zbornika V edinosti.
V letih 1993-2015 je urejal kapucinsko zbirko knjig Frančiškova knjižnica in Mala Frančiškova knjižnica (deset življenjepisnih knjižic o slovenskih kapucinih).
Leta 2022 je s strokovnimi nasveti sodeloval pri pripravi in izdaji prekmurskega molitvenika Jezuš, tovariš moj avtorja Akoša Dončeca. Dodal mu je tudi nekaj molitev in litanij.
Kot duhovnik in znanstvenik na cerkvenem področju je pomembno prispeval k prepoznavnosti celotne slovenske Cerkve, še posebej pa njenega najvzhodnejšega dela – Pomurja in Podravja.
Samostojne knjižne izdaje (izbor):
Skupno duhovništvo kot temelj za družinsko duhovnost v luči drugega vatikanskega zbora: doktorska disertacija, 1974.
Iz meseca v mesec (kolumne iz Naše družine), 2009
Ptujski kapucini in župnija sv. Ožbalta, 2016
Znanstveni članki (izbor):
Redovni duhovniki, ki so bili rojeni ali so umrli na področju sedanje murskosoboške škofije. Zbornik soboškega muzeja 9-10, 2007, str. 175-216.
Dr. Vladimir Škerlak in umor Danijela Halasa. Zbornik soboškega muzeja 16-17, 2011, str. 185-219.
Mihael Kühar (25. 5. 1893-7.12. 1976): Maistrov borec in legionar, borec za Prekmurje. Zbornik soboškega muzeja 25, 2019, str. 327-343.
Dajnkov simpozij v Gornji Radgoni. Stopinje 2024, str. 121-123.
Uredništvo in sodelovanje pri publikacijah (izbor):
Spisi sv. Frančiška Asiškega in sv. Klare, 1982
zbirka Frančiškova knjižnica, 1993 do 2015
zbirka Mala Frančiškova knjižnica, 1993 do 2015
Verstva, sekte in novodobska gibanja, 1998
Jaroslav Kikelj: pričevalec vere in veselja, 2000
Ivanu Škafarju v spomin: ob 20-letnici smrti duhovnika in zgodovinarja, 2004
V edinosti: ekumenski zbornik, 2002 – 2012
Edinost in dialog, 2013 –
Uradna spletna stran kapucinskega reda
Bibliografija avtorja v sistemu Cobiss
Pomurec.com – Jezuš, tovariš moj
Vinko Škafar. V: Žunec, B. Nevidna univerza: doktorji znanosti iz sveta ob Muri. Murska Sobota: Franc-Franc , 2003, str. 148.
Krajnc-Vrečko, F. V službi Cerkve in ljudi: ob zlatomašnem jubileju p. Vinka A. Škafarja. Maribor: Župnija sv. Jožefa, 2016.
Sobočan, D. P. Vinko (Avguštin) Škafar, osemdesetletnik. Stopinje 2020, str. 179-182.
Krajnc-Vrečko, F. Vinko Avguštin Škafar – ob 80-letnem jubileju. Edinost in dialog, 2020, let. 75, št. 1, str. 289 – 301.
Besedilo je pripravil Marko Vugrinec. Njegov zapis hrani arhiv PiŠK Murska Sobota.
Zapis je dopolnil tudi Vinko Škafar