Janez Gregori je odraščal na kmetiji. Osnovno šolo je obiskoval v Kranjski Gori, gimnazijo pa na Jesenicah. Po opravljeni maturi je na Univerzi v Ljubljani vpisal študij biologije. Študij biologije je zaključil 9. junija 1972 in si pridobil naziv profesor biologije. 1. junija 1964 se je zaposlil v Prirodoslovnem muzeju Slovenije, kjer so potrebovali ornitologa. Po služenju vojaškega roka leta 1967 se je zaposlil kot predmetni učitelj, najprej na osnovni šoli v Mojstrani, kasneje pa še v Kranjski Gori. Učil je biologijo, fiziko in kemijo. Poučeval je do leta 1972, ko se je zaposlil na Oddelku za varstvo narave Zavoda za spomeniško varstvo Socialistične republike Slovenije. Sodeloval je pri nastanku »Zelene knjige o ogroženosti okolja v Sloveniji« (1972). Leta 1973 se je ponovno zaposlil v Prirodoslovnem muzeju Slovenije. V muzeju je ostal do upokojitve leta 2008.
Sprva je bil odgovoren za kustodiat za vretenčarje, leta 2006 pa je bil imenovan za kustosa ornitologa. Svojo naravoslovno kariero je začel z ornitološko favnistiko. Naučil se je veščine prepoznavanja ptičjih vrst po oglašanju, kar mu je služilo pri popisih ptic, zlasti v različnih gozdnih združbah po vsej Sloveniji. Leta 1979 je civilna družba ustanovila Društvo za opazovanje in proučevanje ptic Slovenije (DOPPS). Janez Gregori je bil ustanovni član in prvi predsednik društva.
Kot uradni zoolog je sodeloval na 4. jugoslovanski alpinistični himalajski odpravi (4. JAHO) na Makalu (1972). Namen je bil zbiranje ptic, sesalcev in njihovih zunanjih zajedavcev. Na višinah 3700-5200 m je zbral 65 primerkov ptic in 46 primerkov sesalcev. Kot udeleženec odprave je prejel odlikovanje Planinske zveze Jugoslavije (1972).
Med njegovimi deli s področja ornitologije velja omeniti monografiji »Naši ptiči« (1979) ter »Ptiči Šaleških jezer in okolice« (2005). Za slednjo sta s soavtorjem Daretom Šeretom prejela nagrado Zlati legat, ki jo DOPPS vsako leto podeljuje za najboljše slovensko delo s področja ornitologije. Obdelal je risbe vretenčarjev v Valvasorjevi grafični zbirki. Pisal je o J. A. Scopoliju in kranjskem poimenovanju vrst v »Descriptiones Avium« iz leta 1769, o ornitologiji v H. Freyerjevem seznamu kranjskih vretenčarjev iz leta 1842 ter o mariborskem ornitologu Otmarju Reiserju.
V sedemdesetih in v začetku osemdesetih let se je najaktivneje ukvarjal z ohranjanjem narave pri nas. Izdeloval je favnistične inventarizacije za potrebe ohranjanja območij in pripravljal presoje o vplivih na okolje za mnogo predelov Slovenije: Mura, Banjščica, Hrastje-Mota, Kanižarica, Ponikve (Preserje pri Krimu), Radenci, Snežnik, Žejna dolina pri Logatcu, Pohorje, Klivnik v Brkinih, Škale pri Velenju, Črni les pri Lendavi, Pernica, spodnja Sava, notranjska polja, Zarica pri Kranju, Gorjanci, Krakovski gozd, Dragonja, Ljubljansko barje in druge. Leta 1980 sta s Savom Brelihom pripravila občasno razstavo z naslovom »Redke in ogrožene živalske vrste v Sloveniji«, kar je bil prvi poizkus kompleksne predstavitve problematike ohranjanja živalskih vrst v Sloveniji. Spremni katalog razstave je bil seznam normativnih predpisov s področja ohranjanja narave.
Dejaven je bil pri ozaveščanju javnosti o potrebi po varstvu narave, o njenem poznavanju in pomembnosti sožitja z njo. Njegove prispevke dobimo zlasti v glasilih Ciciban, Pionir, Proteus, Družinska pratika in Lovec. Bil je ustanovitelj in urednik revije Scopolia, glasila Prirodoslovnega muzeja Slovenija. Kot urednik je deloval od njenega začetka, 1978. leta, do svoje upokojitve leta 2008, pri urejanju pa sodeloval še do leta 2020.
Za trojezični vodnik »Zelenci – naravni rezervat« (1994) je prejel Priznanje Angele Piskernik, ki ga Prirodoslovno društvo Slovenije podeljuje posameznikom za dosežke na področju varstva narave (1995).
V osemdesetih letih se je vse bolj posvečal čebelam in čebelarjenju. Čebelariti je začel leta 1976, po očetovi smrti. En mandat je bil predsednik Čebelarskega društva Kranjska Gora. Na Biotehniški šoli Maribor je leta 2006 pridobil certifikat o nacionalni poklicni klasifikaciji in bil tako uradno usposobljen za čebelarja. Sodeloval je s Čebelarsko zvezo Slovenije (ČZS), več let bil član delovne skupine za pregled in potrjevanje vzrejališč matic. Bil je član strokovnega sveta Priznane rejske organizacije za kranjsko čebelo in sooblikoval njen rejski program. Pri zaščiti kranjske čebele se je zavzemal zlasti za ohranjanje njenih krajevnih različkov (ekotipov). Kot sourednik in soavtor je podpisan pri raznih publikacijah, ki jih je izdala ČZS.
Od septembra 2004 do julija 2022 je bil član uredniškega odbora revije Slovenski čebelar, v kateri je tudi objavljal svoje prispevke. S področja čebelarstva velja omeniti njegovi monografiji »Mladi čebelar« (1984) in »Lepo je biti čebelar: učimo se čebelarjenja« (2011; prevedena tudi v nemščino). Strokovni sourednik in soavtor je bil pri »Čebelarskem terminološkem slovarju« (2008). Proučeval in populariziran je delo vidnih čebelarjev kot so Peter Pavel Glavar (1721-1784), Anton Janša (1734-1773), Georg (Jurij) Jonke (1777-1864), Emil Rothschütz (1836-1909), Mihael Ambrožič (1846-1904). Leta 2012 je bil odlikovan z redom Antona Janše 1. stopnje.
Dejaven je bil kot prevajalec. Ukvarjal se je s slovenskim poimenovanjem eksotičnih ptic. Prevedel je knjige »Svet ptičev« (1974), »Svetovna enciklopedija živali« (1986) ter »Ptiči Slovenije in Evrope« (1998). Ukvarjal se je tudi z naravoslovno fotografijo, fotografije objavljal in z njimi sodeloval na javnih natečajih. Njegova osebna bibliografija v sistemu COBISS obsega 551 enot, vendar ni popolna.
Zapis je bil pripravljen v sodelovanju z Janezom Gregorijem.
Naši ptiči, 1979
Mladi čebelar, 1984
Zelenci: naravni rezervat, 1994
Ptiči Šaleških jezer in okolice, 2005
Lepo je biti čebelar, 2011
Odlikovanje Planinske zveze Jugoslavije, 1972
Priznanje Angele Piskernik, ki ga Prirodoslovno društvo Slovenije podeljuje posameznikom za dosežke na področju varstva narave, 1995
Leta 2012 je bil odlikovan z redom Antona Janše 1. stopnje.
Dnevnik (članek)
Dnevnik (članek)
Gorenjski glas (članek)
Gorenjski glas (članek)
Osebna bibliografija
Borko, M., Prof. Janez Gregori, 80-letnk. Slovenski čebelar, 2022, št. 1, str. 21.
Gregori, J. in B. Kryštufek, Ob stoti številki revije Scopolia. Scopolia, 2021, št. 100, 9-12.
Kryštufek, B. in Šere, D., Janez Gregori – osemdesetletnik. Scopolia, 2021, št. 101, 157-164.