Leta 1960 je stopil v kapucinski red, študiral teologijo v Ljubljani in bil leta 1968 posvečen v duhovnika. Leta 1969 je diplomiral na Teološki fakulteti v Ljubljani in vpisal študij zgodovine Cerkve na papeški univerzi Gregoriani v Rimu. Tu je doktoriral leta 1973 z disertacijo Die Kapuziner in Slowenien 1600-1750.
Leta 1973 je bil imenovan za honorarnega predavatelja na Teološki fakulteti v Ljubljani, 1976 je bil izvoljen za docenta, 1985 za izrednega in 1990 za rednega profesorja. Od 1988 do 2008 je bil predstojnik Inštituta za zgodovino Cerkve in urednik Inštitutove publikacije Acta Ecclesiastica Sloveniae. V letih 1990-1994 je opravljal službo dekana Teološke fakultete in v tem času je bila fakulteta ponovno vključena v Univerzo. Sedaj je redni profesor za zgodovino Cerkve.
Njegovo osrednje študijsko področje je Cerkev v obdobju katoliške prenove po protestantski reformi in zgodovina kapucinskega reda na Slovenskem. Kot profesor gost, kot sodelavec na simpozijih in kongresih je predaval v Celovcu, Regensburgu, Ittingenu (Švica), Rimu, Zaragozi, Zagrebu, v Benetkah, na Malti, v Gazzadi pri Milanu, v Torinu in v Parizu na Sorboni. Številne študije in prispevke je objavil v Bogoslovnem vestniku, v Acta Ecclesiastica Sloveniae, v zbornikih Slovenske matice, Univerze v Ljubljani, Univerze v Pamploni, mednarodne mariološke akademije v Rimu. Dobri dve desetletji je bil soorganizator Rimskih simpozijev, ki so izšli v vsakoletnih zbornikih (26 zbornikov). Do leta 2008 je bil gvardijan Kapucinskega samostana v Škofji Loki, kjer je preživel kar 23 let, sedaj pa živi in dela v Kapucinskem samostanu v Celju. Po podatkih iz Cobissa (feb. 2011) je od leta 1976 avtor skoraj 200 člankov v raznih revijah, zbornikih in časopisih.
Obča cerkvena zgodovina (za slušatelje TEOF 1974, 1993, 2009, 2010
Papeži od Petra do Janeza Pavla II., 1989 (dopolnjena izdaja 1996)
Kapucini na Slovenskem v zgodovinskih virih, 1994 (soavtor)
Zgodovina cerkve na Slovenskem, 1991 (urednik in soavtor)
Zgodovina katoliške cerkve, 1999 (urednik in soavtor)
Sveto leto, 2001
Lambert Ehrlich za slovenski narod, 2002
Cerkev na Slovenskem v 20. stoletju, 2002 (urednik in soavtor)
Dialogo come progetto, 2004
Gospodov dan z Besedo, 2005
Janez Evangelist Krek v spisih sodobnikov, 2006 (soavtor)
Stolnica sv. Nikolaja v Ljubljani, 2008
Kapucinski samostan s cerkvijo sv. Ane Škofja Loka, 2008 (dopolnjena izdaja 2009)
Osebnosti, od A do L, Ljubljana 2008, str. 55
D. Vončina: Metod Benedik et al., Cerkev na Slovenskem v 20. stoletju, Mladina 2002, št. 13 (2. apr.), str. 66
B. Kolar: Metod Benedik – Angel Kralj, Kapucini na Slovenskem, v zgodovinskih virih …, Kronika : časopis za slovensko krajevno zgodovino 1996, št. 1, str. 92
S. Granda: Monumentalno delo o sobratih Svetokriškega : kapucini, Delo 1995, št. 172 (27.VII.), str. 10
J. Gril: Teološka fakulteta krepi sodelovanje : prof. dr. Metod Benedik novi dekan TF, Družina : slovenski katoliški tednik 1990, št. 27 (8.VII.), str. 1